L’histoire se passe 2 ans après la destruction de Sin par l’invoqueur Yuna et ses gardiens.

C’est la Félicitée. Tout le monde vit sereinement, sans crainte que Sin ne revienne, car, cette fois, il ne reviendra pas.

Aujourd’hui, Yuna a bien changée. Elle est devenue une chasseuse de sphères dans un groupe d’Al-Bheds, les “Albatros“. C’est en réalité une étrange sphère contenant une vidéo de “Lui“ qui l’a décidée à parcourir Spira à la recherche d’autres sphères. Beaucoup de choses ont changé en 2 ans…Les préceptes de Yevon ont disparus, plusieurs clans se sont formés et se livrent à des querelles entre leurs partisans… Personne ne le sait encore, mais, une menace, bien plus grande que ces querelles va tenter de couper court à cette Félicitée, et bouleverser l’avenir de tout le peuple de Spira…