Dix huit ans après le premier opus avec Caim, Drakengard 2 vous propose d'incarner le jeune Nowe, un nouveau promu au rang de chevalier des sceaux de l’Empire, rebaptisé l’Ordre depuis peu. Il a été élevé par le dragon Legna, On peut remarquer que Nowe est bien plus classique psychologiquement que ne l'était Caim. Nowe tournera le dos à l'Ordre afin de rejoindre le clan de Manah qui cherche désormais à libérer les sceaux en ayant l'espoir d'inverser la destinée chaotique et ainsi d'accéder à un monde de paix, libéré du joug ennemi.

Nowe fera rapidement la connaissance de Manna,et tous deux s'uniront pour lutter contre l'ordre des chevaliers, qui semblent défendre une paix factice au bénéfice de leurs seuls intérêts.