Last Order nous plonge ainsi quelques années avant le début du jeu Final Fantasy VII, lorsque Zack était encore en vie. L’affaire Nibelheim vient à peine d’avoir lieu, et les fugitifs Zack et Cloud tentent d’échapper aux Turks, la garde personnelle de la Shinra, mégacorporation qui domine la ville de Midgar et par la même occasion la planète. On alterne ainsi entre les scènes présentes (la fuite de Zack et Cloud) et passées (le drame de Nibelheim).

C'est sur ce fond de tentative de fuite que Tseng va se remémorer l'incident qui a amené les deux amis à repenser leur condition. L'histoire qui a vu Sephiroth passer du statut de Héros à celui de boucher et qui a transformé Nibelheim en ville fantôme.

Nous pouvons remarqué, au détriment des fans, que Clad ne joue pas un rôle très dynamique dans Final Fantasy VII Last Order.