Nous pouvons remarquer que dans Final Fantasy VII le thème de la science a une place importante dans l’histoire puisque la science est la cause de bien des désastres et conséquence de la folie des hommes. Ainsi le professeur Gast avait commencé une recherche sur la possibilité de créer un humain en mélangeant son ADN à celui des Anciens. Il y a trente ans, les chercheurs découvrirent dans la glace, le corps presque parfaitement conservé d’une représentante des peuples des Anciens (ou Cetras) qu’ils baptisèrent : Jénova ! Une aubaine pour les chercheurs qui enchaînèrent les expériences afin de trouver un moyen d’utiliser le pouvoir des Anciens à leurs avantage. Le professeur Gast mourut et fut remplacé par le professeur Hojo de la Shinra, mais lui fut poussé par une folie et impassibilité assez singulière. Tan qu’a Sephiroth, il le considérait comme un homme inexpérimenté qui n’arrivera jamais à la cheville du professeur Gast. Hojo ne considère personne comme être humain, pour lui tout le monde est un spécimen. Sa seule ambition est de créer une créature supérieure, autrement dit un Ancien avec des cellules de Jenova. Cette expérience avait déjà été commencée par le professeur Gast qui portait le nom de « Project Jenova ».

Sephiroth découvre partiellement le secret de ses origines après la visite au réacteur mako de Nibelheim, cinq ans les événements du jeu. Il prend connaissance du projet Jenova et devient fou lorsqu’il découvre qu’il est le résultat même de cette expérience. Il pense alors que le professeur Gast l’a créé, ce qui n’est pas totalement vrai puisque l’on apprend que son véritable père est Hojo. C’est de là qu’intervient l’histoire de Vincent que l’on découvre dans le manoir de la Shinra de Nibelheim à un certain moment. Vincent assistait Hojo, mais se fit froidement abattre par ce dernier avant d’être ressuscité sous la forme d’un vampire dans le cadre d’une expérience morbide.
En tant que directeur de la recherche, Hojo a mené des expériences visant à cloner Sephiroth, ce que déboucha sur la création de Clad, un simple humain qui a tout d’abord été aspergé de Mako avant de se faire injecter des cellules de Sephiroth. Ces tentatives de clonage devaient constituer une armée de soldats indestructibles. Hojo a ensuite utilisé le réacteur de Nibelheim pour fabriquer des êtres mutants nés de la condensation de l’énergie mako pure. C’est la découverte de ces créatures qui plongea Sephiroth dans sa folie meurtrière et le poussa à brûler le village natal de Clad et de Tifa.

-Kadaj-