Depuis sa destruction par un météore, Midgar n'est plus que l'ombre de ce qu'elle était (une mégapole économique et industrielle), et les habitants commencent petit à petit à reconstruire.

Cependant, une mystérieuse maladie, le syndrome de la la Geostigma, les tourmente. Cette dernière n’apporte que la mort et encore plus de désespoir dans un monde qui semble plus en proie à la misère, surtout après l'abandon de l'utilisation du mako.

Clad quand à lui, devenu livreur, mène une vie calme, avec des orphelins. Tous ceux qui lui étaient chers pendant la guerre qui les opposa deux ans auparavant à la Shinra l’ont laissé avec ses stigmates du passé.

Un jour, il reçoit un appel téléphonique, lui offrant un nouveau travail en tant que garde du corps pour un mystérieux homme en fauteuil roulant, visage caché derrière une aube blanche, pour le protéger contre un le gang d'un dénommé Kadaj.

Jeune et violent, Kadaj et sa bande recherchent leur « Mère ». Ainsi, ils s’en prennent aux orphelins protégés par Clad afin de le faire sortir de son trou. Ils en profitèrent également pour s'emparer de la précieuse matéria que Clad gardait soigneusement dans un coffre.

Un nouveau combat est inévitable. Les mots d’une ancienne amie, Aeris, redonnent confiance à Clad, et la bataille contre Kadaj peut commencer.

-Kadaj